Negativní vedlejší účinky používání rakytníku

U drog připravených z rakytníku řešetlákového nebyly zjištěny žádné nežádoucí účinky, ani není známa žádná kontraindikace. Přípravky z plodů mohou ve velkém množství způsobit tzv. pálení žáhy. Výjimečně se může projevit nesnášenlivost oleje při vnitřním užití, která se projevuje zvracením, tzv. falešnou nespavostí nebo zvýšenou bolestivostí, např. žaludku. Někdy se u rakytníkového oleje upravuje pH, a to podáním jedlé sody nebo hořčíku, což se týká hlavně léčby dvanáctníkového vředu.